第一百零三章 问题可能出在样本采集时间上(1/2)
第二天一早,温楚莹拿着图表冲进会议室。
“教授、张老师、师姐,我发现问题可能出在样本采集时间上!”
她把图表摊在桌上,
“你们看,下午2点采集的样本,环境温度2℃左右,Ct值波动最小;
上午10点温度-2℃,Ct值普遍偏高,而且波动大。
我怀疑低温会抑制耐药基因的表达,导致检测时扩增效率不稳定。”
张老师凑过来看,手指点在图表上:
“这个规律……有点像我之前看过的一篇文献,
里面提到极端环境微生物有‘温度适应性表达’特性,低于0℃时,耐药基因的启动子活性会下降50%。
我当时觉得和咱们的样本关联不大,就没提。”
王教授的眼睛亮了:
“那咱们就做验证实验!今天分三个时间点采集:上午10点、下午2点、下午4点,
每个时间点采3份样本,统一在4℃条件下保存,然后同时检测,看数据差异。”
采集团队按照安排行动,下午五点,样本准时送到实验室。
温楚莹和李师姐立刻开始处理——统一离心10分钟,加5%甘油保存,然后同时加载到三台PCR仪上。
等待结果的四十分钟里,没人说话,大家都盯着仪器屏幕,连王教授都时不时看一眼手表。
“出来了!”李师姐先喊出声。
屏幕上,下午2点采集的样本Ct值分别是28.5、28.7、28.6,波动只有0.1;
下午4点的是29.2、29.4、29.3,波动0.1;
而上午10点的是32.1、32.5、32.3,波动0.4,且整体Ct值偏高。
“真的是采集时间的问题!”张老师激动地拍了下桌子,“楚莹,你立大功了!”
可温楚莹却没立刻松气:
“但上午的样本Ct值还是偏高,要是采集团队遇到特殊情况,只能上午采集怎么办?咱们得想办法让上午的样本也能稳定检测。”
王教授点头:“说得对。张老师,你查文献看看有没有能激活低温下耐药基因表达的试剂;
楚莹,你试试在样本处理时加入不同浓度的诱导剂,比如IPTG,看看能不能改善;
李黎,你负责优化样本保存的温度梯度。”
接下来的两天,团队又进入新的攻坚。
温楚莹测试了0.1ol/L、0.2ol/L、0.3ol/L三种浓度的IPTG,
结果0.2ol/L时,上午样本的Ct值降到了29.5左右,波动0.3,接近下午样本的水平。
可新的问题又出现了——加入IPTG后,样本的非特异性扩增增加,出现了杂峰。
“怎么办?杂峰要是不消除,会影响结果判断。”李师姐看着屏幕上的杂峰,皱起眉。
温楚莹盯着杂峰的位置,突然想起在学校做竞赛时,林导师教过的“引物特异性优化法”:
“咱们调整一下引物的退火温度,之前用的是58℃,试试59℃和60℃,看看杂峰会不会消失。”
她做了三个温度梯度的实验,当退火温度升到59.5℃时,杂峰果然消失了,Ct值稳定在29.3±0.2。
“成功了!”她忍不住欢呼,小初砚在意识里放起了虚拟烟花:“宿主太棒啦!终于解决了!”
解决了采集时间的问题,团队开始优化检测效率。
本章未完,点击下一页继续阅读。